Gluten zijn graaneiwitten en zitten in tarwe, rogge, gerst, spelt, kamut en alles wat van deze granen gemaakt is. Bij coeliakie worden gluten ‘verkeerd’ herkent door het afweersysteem: ze worden gezien als schadelijk, terwijl ze dit niet zijn. Door de reactie van het afweersysteem op de gluten, beschadigt het slijmvlies van de dunne darm en ontstaat er een ontstekingsreactie. Hierdoor worden voedingsstoffen slecht opgenomen in het lichaam.
De precieze oorzaak van coeliakie is niet bekend. Wel is bekend dat erfelijkheid een rol speelt. Als het binnen een familie voorkomt, heeft u een hogere kans (10%) het ook te krijgen. Coeliakie komt voor bij 1 op de 100 mensen. Er zijn twee keer zoveel vrouwen als mannen die deze aandoening hebben.